Class Notes (838,386)
United States (325,381)
Biology (713)
CAS BI 108 (87)
Lecture

Basic Taxonomy

8 Pages
119 Views
Unlock Document

Department
Biology
Course
CAS BI 108
Professor
Sean Mullen
Semester
Spring

Description
• Systematics and Taxonomy: o Systematics: The study of the biological diversity and evolutionary  history of life on earth o Taxonomy: Branch of biology concerned with identifying, naming, and  classifying organisms o Name – only 1 scientist gets to “name” a species o Identify – anyone can with a key o Classify – group a species with its closest relatives o Began with the ancient Greeks and Romans o John Ray (1627–1705)  Believed that each organism should have a set name • Taxonomy: o mid­1700’s, Carolus Linnaeus developed the binomial system of  nomenclature:  First word is genus name  Second word  is specific epithet • Refers to one species (of potentially many) within its genus  (never capitalized)  A species is referred to by the full binomial name (Genus species)  or Genus species  Genus name can be used alone to refer to a group of related species • Classification Categories: o Modern taxonomists use the following classification:  Domain – one or more kingdoms  Kingdom – one or more phyla  Phylum – one or more classes  Class – one or more orders  Order – one or more families   Family – one or more genera  Genus – one or more species  Species o The higher the category, the more inclusive o Organisms in the same domain have general characteristics in common o In most cases, classification categories can be subdivided into additional  categories  Superorder  Suborder  Infraorder o Distinguishing species on the basis of structure can be difficult o Members of the same species can vary in structure o Attempts to demonstrate reproductive isolation is problematic because:  Some species hybridize  Reproductive isolation is difficult to observe • Phylogenetic Trees: o Systematics ­ the diversity of organisms at all levels o Goals of systematics:  1. discover all species;  2. reconstruct phylogeny (evolutionary history) of a group  3. classify accordingly o Phylogeny often represented as a phylogenetic tree  A diagram indicating lines of descent  Each branching point: • Is a divergence from a common ancestor • Represents an organism that gives rise to two new groups o Classification lists the unique characters of each taxon and is intended to  reflect phylogeny o Character: Any distinguishing feature of an organism o Primitive characters:  Present in all members of a group  Present in the common ancestor o Derived characters:  Present in some members of a group  Absent in the common ancestor • Tracing Phylogeny: o Fossil Record:  Fossil record is incomplete  It is often difficult to determine the phylogeny of a fossil o Homology:  Refers to features that stem from a common ancestor  Homologous structures are related to each other through common  descent o Analogy:  Similarity due to convergence o Convergent Evolution:  The acquisition of a feature in distantly related lines of descent  The feature is not present in a common ancestor o Parallel Evolution:  The acquisition of a feature in two or more related lineages  The feature is not present in a common ancestor • Molecular Data: o Protein Comparisons:  Immunological techniques: • Degree of cross reaction used to judge relationship  Amino acid sequencing: • Similar sequence in same protein indicates close  relationship o RNA and DNA Comparisons:  Systematics assumes: • Two species with similar base­pair sequences are assumed  to be closely related • Two species with differing base­pair sequences are  assumed to be only distantly related o Molecular Clocks:  Use non adaptive nucleotide sequences  Assumed constant rate of mutation over time • Traditional Systematics: o Mainly uses anatomical data o Classify organisms using assumed phylogeny with emphasis on phenotype o Stress both common ancestry and degree of structural difference among  divergent groups o Construct phylogenetic trees by applying evolutionary principles to  categories o Not strict in making sure all taxa are monophyletic (includes most recent  common ancestor with all descendants) o Paraphyletic – shows most recent common ancestor and some of the  descendants o Polyphyletic – members in a group are traced to separate ancestors • Cladistic Systematics: o Traces evolutionary history of the group under study o Only monophyletic groups are acceptable o Uses shared derived characters (synapomorphies) to:  Classify organisms   Arrange taxa into a cladogram • A cladogram is a special type of phylogenetic tree o A clade is an evolutionary branch that includes:  A common ancestor, together with  All its descendent species • Viruses: o Viruses affect all organisms  o Nucleic acid surrounded by a protein o Noncellular (cannot be classified with cellular organisms) o Each type has at least two parts:  Capsid: Outer layer composed of protein subunits • Some enveloped by membrane; Others “naked” • Generally symmetrical o Nucleic acid core: DNA or RNA (3 – 100 genes)  Single or double­stranded; linear or circular o 4 morphological categories – vary diverse (Icosahedral, Complex, Helical,  Spherical) • Categorization: o Viruses:  Obligate intracellular parasites  Cannot reproduce outside a living cell  Can be cultured only inside living cells  Cannot metabolize or respond to stimuli  Evolve as a result of mutation and natural selection  Very specific  All are infectious o Classification is based on:  Type of nucleic acid (DNA/RNA; single or double stranded)  Size and shape  Presence / absence of outer envelope • Viral Replication: o Bacteriophages:   Infect bacteria  Portions of capsid adhere to specific receptor on the host cell  Not easily recognized by host immune system  Viral nucleic acid enters the cell  Once inside, the virus takes over metabolic machinery of the host  cell  Lytic Cycle: • Causes cell death (cell bursts and releases viruses)  Lysogenic Cycle: • Viral DNA is integrated into cell DNA and passed on when  cell reproduces • Stimulus causes viral DNA to separate from cell DNA, lytic  cycle begins and viruses are produced • Cell eventually dies (cell bursts and vir
More Less

Related notes for CAS BI 108

Log In


OR

Join OneClass

Access over 10 million pages of study
documents for 1.3 million courses.

Sign up

Join to view


OR

By registering, I agree to the Terms and Privacy Policies
Already have an account?
Just a few more details

So we can recommend you notes for your school.

Reset Password

Please enter below the email address you registered with and we will send you a link to reset your password.

Add your courses

Get notes from the top students in your class.


Submit