Class Notes (836,153)
United States (324,358)
Biology (619)
BIOL 2323 (1)

Biochemistry Notes.docx

9 Pages
Unlock Document

BIOL 2323
Thomas Manning

Biochemistry 10/22/10 Rules of amino acids • Building blocks of proteins • Precursors fo vitamins o Folic acid • Nutritional sourcees o Gloconeogenesis • Precursors of purines and pyrimidines • Some metabolic disorders Amino Acid Rxns • Transamination (transfer of amino groups) • Decarboxylation (loss of CO2) • Racemization (interconversion of D and L isomers) • Formation of NH3 and urea (end products of metabolism) via deamination and  oxidation Overall transamination rxn • Glu  + keto acid  <> alpha­ketoglutarate  + amino acid2 • FIG 24­ • Table 24­1 • Unnumbered fig pg 683b • Unnumbered fig pg 688b • Unnumbered fig pg 687 Protein Biosynthesis • Dna directed synthesis occurs on ribosomes • Proteins grow in length from N­ terminal to c­terminal amino acids • Post­translational modifications occur when protein is 35­50 AA’s long (after they  exit the domain of the ribosome • Folding is completed also when proteins exit the ribosomal domain (“nascent”) • Some proteins require chaperonins to complete folding • Growing, “nascent” protein starts with Met, which is then modified by a formyl  (H­C=O…..) in prokaryotes or an acetyl (CH3­C=O….) in eukaryotes.  The  blocked Met is usually removed so the 2  AA becomes the new N­terminal.  This  process can be repeated several times (N­terminal processing).  Mature proteins  usually do not have Met at N­terminals • Chapter 30 Opener part 2 • Table 30­1, Figure 30­1 o Proteins grow in direction of arrows • Fig 30­2 o 20 different tRNA molecules o each goes with its own AA molecule o tRNA’s have modified AA’s which makes each different from the others to  carry the correct AA • unnumbered figure pg 859 • Fig 30­3 o Tail at the top is not base­paired and can be a mechanism of editing the  mechanism of protein synthesis • Fig 30­4 o About half of the base are paired • Fig 30­5 Steps in protein biosynthesis  Fig 30­5, 30­6 o Adenine attaches AA and carried by tRNA  Unnumbered fig pg 863b o How does the tRNA distinguish b/w AA’s o AA’s that activate the carboxyl group will only accept L­AA’s, not D­AA’s o Threonine: the synthetase that puts threonine onto a tRNA has specific  AA’s, only tRNA with zinc, and the H on the bound hydroxyl group to  zinc can hydrogen bond with aspartate  Fig 30­9 o Tail allows it to flip o Editing site on ribosome  Fig 30­13 o Ribosomal RNA is architectural building block of ribosome  Fig 30­15  Fig 30­17  Fig 30­29 o Tunnel is where nascent polypeptide growns through  Wobble hypothesis Ribosome • 2/3 ribosomal RNA (structural element) • 1/3 protein • has an enzymatic activity • AKA Ribozyme • One of the few examples other than proteins that have catalytic activity • Target for new antibiotics • Target for poisons Ricin • Protein • Toxicity ug range • Lectin carries ricin to target with high degree of efficiency by binding the lectin  part • Powerful poison • N­glycosidase­ responsible for removing an adenine from r­RNA • Once that happens, the ribosome is dead (ribosome poison) Post­translational modifications: ……….. 3) Acytylationn at N­terminus or E­NH2 of Lys residues/no cleavage • Dependent on nature of amino acid since it is an enzymatic reaction 4) Glycosylation • Enzymatic ­ addition of a variety of sugars to either N­containing amino acids, or  o­containing amino acids • Non­enzymatic­ addition of glucose to Hb 5) N­terminal myristolation 6) Amination of C­terminus Signaling • Fig 30­29 • Fig 30­31 • Fig 21­3 • Fig 21­4 • Fig 21­6 o Glycogen phosphorylase • Fig 21­10 • FIG 21­12 • Fig 21­14 • Fig 21­15 o Several kinds of cyclic AMP’s o 1) 3’­5’ cyclic AMP (c­AMP) o 2) 2’­3’ cyclic AMP • Some properties of “primary messengers” o Involved in signal transduction pathways o A stimulus (wound or meal) triggers release of signal molecules (a  primary messenger) o Usually do not enter cell • Some properties of secondary messengers o Relay info from receptor­ligand complex o Usually intracellular molecules that change in concen in response to  environmental signals o Examples are cycliv AMP (c­AMP), c­GMP, Ca2+ o Signal from outside the cell can be amplified by secondary messengers* Fatty Acids (F.A.)/ Lipids • CH3­(CH2)n COOH (F.A.) o N=12­20 • Salts of F.A. are detergents due to emulsifying properties • F.A. can be saturated or unsaturated­(cis or trans isomers) • Complex nomenclature • Essentail and non­essential F.A.’s o Essential types are those that we cannot make just like amino acids • F.A.’s are components of lipids just like amino acids are building blocks of  proteins • Cholesterol is considered a lipid because it has the characteristic long fatty acid  chain on one end • Fig 12­2 o Saturated fatty acid­ all carbons are fully occupied o Unsaturated­ has a double bond b/w two carbons Nomenclature Fig on pg 328a (review nomenclature from book) o Carboxilic acid is C­1 (numbered system) o Carbon on opposite end is omega­C (greek system) • Fig on pg 328b o Named starting at the omega­C Hydrogenation of unsaturated fatty acids • Gives you a saturated fatty acids which has a longer shelf life, and has higher  melting point Trans F.A.’s • Not essential in our diet since they are not conducive to good health • Correlated with increased risk of coronary heart disease and raising LDL (“bad”)  cholesterol Essential Dietary FA’s • There are 2 of them o Linoleate acid (C­18:2 double bonds) o Linolenate acid (C­18: 3 double bonds) • Mammals lack the enzymes that make double bonds (unsaturation) at carbon  atoms higher than C­9, so those FA’s need to be included in diet Fig 12­3 • Structure of a lipid Fig 12­4 Eicosanoid hormone • Prostaglandins, prostacyclins • “Local” hormones­ short half­lives •
More Less

Related notes for BIOL 2323

Log In


Join OneClass

Access over 10 million pages of study
documents for 1.3 million courses.

Sign up

Join to view


By registering, I agree to the Terms and Privacy Policies
Already have an account?
Just a few more details

So we can recommend you notes for your school.

Reset Password

Please enter below the email address you registered with and we will send you a link to reset your password.

Add your courses

Get notes from the top students in your class.