Class Notes (836,153)
United States (324,358)
Biology (619)
BIOL 2323 (1)
Lecture

Biochemistry Notes.docx

9 Pages
83 Views
Unlock Document

Department
Biology
Course
BIOL 2323
Professor
Thomas Manning
Semester
Fall

Description
Biochemistry 10/22/10 Rules of amino acids • Building blocks of proteins • Precursors fo vitamins o Folic acid • Nutritional sourcees o Gloconeogenesis • Precursors of purines and pyrimidines • Some metabolic disorders Amino Acid Rxns • Transamination (transfer of amino groups) • Decarboxylation (loss of CO2) • Racemization (interconversion of D and L isomers) • Formation of NH3 and urea (end products of metabolism) via deamination and  oxidation Overall transamination rxn • Glu  + keto acid  <> alpha­ketoglutarate  + amino acid2 • FIG 24­ • Table 24­1 • Unnumbered fig pg 683b • Unnumbered fig pg 688b • Unnumbered fig pg 687 Protein Biosynthesis • Dna directed synthesis occurs on ribosomes • Proteins grow in length from N­ terminal to c­terminal amino acids • Post­translational modifications occur when protein is 35­50 AA’s long (after they  exit the domain of the ribosome • Folding is completed also when proteins exit the ribosomal domain (“nascent”) • Some proteins require chaperonins to complete folding • Growing, “nascent” protein starts with Met, which is then modified by a formyl  (H­C=O…..) in prokaryotes or an acetyl (CH3­C=O….) in eukaryotes.  The  blocked Met is usually removed so the 2  AA becomes the new N­terminal.  This  process can be repeated several times (N­terminal processing).  Mature proteins  usually do not have Met at N­terminals • Chapter 30 Opener part 2 • Table 30­1, Figure 30­1 o Proteins grow in direction of arrows • Fig 30­2 o 20 different tRNA molecules o each goes with its own AA molecule o tRNA’s have modified AA’s which makes each different from the others to  carry the correct AA • unnumbered figure pg 859 • Fig 30­3 o Tail at the top is not base­paired and can be a mechanism of editing the  mechanism of protein synthesis • Fig 30­4 o About half of the base are paired • Fig 30­5 Steps in protein biosynthesis  Fig 30­5, 30­6 o Adenine attaches AA and carried by tRNA  Unnumbered fig pg 863b o How does the tRNA distinguish b/w AA’s o AA’s that activate the carboxyl group will only accept L­AA’s, not D­AA’s o Threonine: the synthetase that puts threonine onto a tRNA has specific  AA’s, only tRNA with zinc, and the H on the bound hydroxyl group to  zinc can hydrogen bond with aspartate  Fig 30­9 o Tail allows it to flip o Editing site on ribosome  Fig 30­13 o Ribosomal RNA is architectural building block of ribosome  Fig 30­15  Fig 30­17  Fig 30­29 o Tunnel is where nascent polypeptide growns through  Wobble hypothesis Ribosome • 2/3 ribosomal RNA (structural element) • 1/3 protein • has an enzymatic activity • AKA Ribozyme • One of the few examples other than proteins that have catalytic activity • Target for new antibiotics • Target for poisons Ricin • Protein • Toxicity ug range • Lectin carries ricin to target with high degree of efficiency by binding the lectin  part • Powerful poison • N­glycosidase­ responsible for removing an adenine from r­RNA • Once that happens, the ribosome is dead (ribosome poison) Post­translational modifications: ……….. 3) Acytylationn at N­terminus or E­NH2 of Lys residues/no cleavage • Dependent on nature of amino acid since it is an enzymatic reaction 4) Glycosylation • Enzymatic ­ addition of a variety of sugars to either N­containing amino acids, or  o­containing amino acids • Non­enzymatic­ addition of glucose to Hb 5) N­terminal myristolation 6) Amination of C­terminus Signaling • Fig 30­29 • Fig 30­31 • Fig 21­3 • Fig 21­4 • Fig 21­6 o Glycogen phosphorylase • Fig 21­10 • FIG 21­12 • Fig 21­14 • Fig 21­15 o Several kinds of cyclic AMP’s o 1) 3’­5’ cyclic AMP (c­AMP) o 2) 2’­3’ cyclic AMP • Some properties of “primary messengers” o Involved in signal transduction pathways o A stimulus (wound or meal) triggers release of signal molecules (a  primary messenger) o Usually do not enter cell • Some properties of secondary messengers o Relay info from receptor­ligand complex o Usually intracellular molecules that change in concen in response to  environmental signals o Examples are cycliv AMP (c­AMP), c­GMP, Ca2+ o Signal from outside the cell can be amplified by secondary messengers* Fatty Acids (F.A.)/ Lipids • CH3­(CH2)n COOH (F.A.) o N=12­20 • Salts of F.A. are detergents due to emulsifying properties • F.A. can be saturated or unsaturated­(cis or trans isomers) • Complex nomenclature • Essentail and non­essential F.A.’s o Essential types are those that we cannot make just like amino acids • F.A.’s are components of lipids just like amino acids are building blocks of  proteins • Cholesterol is considered a lipid because it has the characteristic long fatty acid  chain on one end • Fig 12­2 o Saturated fatty acid­ all carbons are fully occupied o Unsaturated­ has a double bond b/w two carbons Nomenclature Fig on pg 328a (review nomenclature from book) o Carboxilic acid is C­1 (numbered system) o Carbon on opposite end is omega­C (greek system) • Fig on pg 328b o Named starting at the omega­C Hydrogenation of unsaturated fatty acids • Gives you a saturated fatty acids which has a longer shelf life, and has higher  melting point Trans F.A.’s • Not essential in our diet since they are not conducive to good health • Correlated with increased risk of coronary heart disease and raising LDL (“bad”)  cholesterol Essential Dietary FA’s • There are 2 of them o Linoleate acid (C­18:2 double bonds) o Linolenate acid (C­18: 3 double bonds) • Mammals lack the enzymes that make double bonds (unsaturation) at carbon  atoms higher than C­9, so those FA’s need to be included in diet Fig 12­3 • Structure of a lipid Fig 12­4 Eicosanoid hormone • Prostaglandins, prostacyclins • “Local” hormones­ short half­lives •
More Less

Related notes for BIOL 2323

Log In


OR

Join OneClass

Access over 10 million pages of study
documents for 1.3 million courses.

Sign up

Join to view


OR

By registering, I agree to the Terms and Privacy Policies
Already have an account?
Just a few more details

So we can recommend you notes for your school.

Reset Password

Please enter below the email address you registered with and we will send you a link to reset your password.

Add your courses

Get notes from the top students in your class.


Submit