BIO 321 Lecture Notes - Lecture 20: Allele Frequency, Epistasis, Standard Deviation
Document Summary
Depe(cid:511)ds o(cid:511) allele (cid:479)(cid:534)e(cid:533)ue(cid:511)(cid:457)ies; (cid:457)a(cid:511) di(cid:479)(cid:479)e(cid:534) a(cid:510)o(cid:511)(cid:480) populatio(cid:511)s o(cid:479) a spe(cid:457)ies: the hi(cid:480)he(cid:534) v_d, v_i , v_e the lo(cid:923)e(cid:534) h^(cid:2227) Do(cid:510)i(cid:511)a(cid:511)(cid:457)e (cid:922)aria(cid:511)(cid:457)e: v_d: i(cid:511)(cid:922)ol(cid:922)es de(cid:922)iatio(cid:511)s (cid:479)(cid:534)o(cid:510) the e(cid:928)pe(cid:457)tatio(cid:511) due to do(cid:510)i(cid:511)a(cid:511)(cid:457)e (cid:923)ithi(cid:511) a lo(cid:457)us, o(cid:479) o(cid:511)e allele o(cid:922)e(cid:534) a(cid:511)othe(cid:534) (cid:2486)i(cid:511)te(cid:534)a(cid:457)tio(cid:511)s o(cid:479) alleles at the sa(cid:510)e lo(cid:457)us(cid:2487) => (cid:511)eed to use (cid:457)orrelatio(cid:511)s (cid:456)et(cid:923)ee(cid:511) relati(cid:922)es to esti(cid:510)ate herita(cid:456)ility: si(cid:510)plest: o(cid:479)(cid:479)sp(cid:534)i(cid:511)(cid:480)-pa(cid:534)e(cid:511)t (cid:534)e(cid:480)(cid:534)essio(cid:511) Also (cid:457)alled (cid:2522)o(cid:479)(cid:479)sp(cid:534)i(cid:511)(cid:480)-(cid:510)idpa(cid:534)e(cid:511)t (cid:534)e(cid:480)(cid:534)essio(cid:511)(cid:2523) , (cid:2522)pa(cid:534)e(cid:511)to(cid:479)(cid:479)sp(cid:534)i(cid:511)(cid:480) (cid:534)e(cid:480)(cid:534)essio(cid:511)(cid:2523) The slope o(cid:479) the o(cid:479)(cid:479)sp(cid:534)i(cid:511)(cid:480)-pa(cid:534)e(cid:511)t (cid:534)e(cid:480)(cid:534)essio(cid:511) is a(cid:511) esti(cid:510)ate o(cid:479) the he(cid:534)ita(cid:456)ilit(cid:929) o(cid:479) the t(cid:534)ait: (cid:534)ules o(cid:479) thu(cid:510)(cid:456): (cid:2228)(cid:2225)-(cid:2230)(cid:2225) pai(cid:534)s usuall(cid:929) (cid:511)e(cid:457)essa(cid:534)(cid:929) (cid:479)o(cid:534) p(cid:534)e(cid:457)ise esti(cid:510)ates. R^(cid:2227) = (cid:457)o(cid:534)(cid:534)elatio(cid:511) (cid:457)oe(cid:479)(cid:479)i(cid:457)ie(cid:511)t = p(cid:534)opo(cid:534)tio(cid:511) o(cid:479) (cid:922)a(cid:534)iatio(cid:511) i(cid:511) (cid:929) (cid:2486)depe(cid:511)de(cid:511)t (cid:922)a(cid:534)ia(cid:456)le(cid:2487) that is e(cid:928)plai(cid:511)ed (cid:456)(cid:929) (cid:928) (cid:2486)i(cid:511)depe(cid:511)de(cid:511)t (cid:922)a(cid:534)ia(cid:456)le(cid:2487) slope = a(cid:511) esti(cid:510)ate o(cid:479) h^(cid:2227) so(cid:510)e details: the slope asso(cid:457)iated (cid:923)ith a p-(cid:922)alue. (cid:923)e (cid:923)o(cid:511) "t (cid:923)o(cid:534)(cid:534)(cid:929) a(cid:456)out this he(cid:534)e (cid:2486)(cid:457)a(cid:511)"t (cid:456)e easil(cid:929) (cid:457)al(cid:457)ulated i(cid:511) e(cid:928)(cid:457)el(cid:2487: i(cid:511)(cid:457)(cid:534)easi(cid:511)(cid:480) # o(cid:479)(cid:479)sp(cid:534)i(cid:511)(cid:480) pe(cid:534) pai(cid:534) (cid:2486)(cid:479)a(cid:510)il(cid:929)(cid:2487) i(cid:511)(cid:457)(cid:534)eases (cid:457)o(cid:511)(cid:479)ide(cid:511)(cid:457)e (cid:2486)p(cid:534)e(cid:457)isio(cid:511)(cid:2487) o(cid:479) ea(cid:457)h poi(cid:511)t. Does (cid:511)ot a(cid:479)(cid:479)e(cid:457)t the slope o(cid:479) the (cid:534)e(cid:480)(cid:534)essio(cid:511)