BIOL 207 Study Notes (Lecture 1-31).docx

17 Pages
Unlock Document

Biology (Biological Sciences)
Michael Harrington

Victory Obiefuna Biology 207 Study Notes (most of the things that have been written down are things that I felt really  needed to be known and remembered. Other things are pretty easy to remember because they have been  taught thousands of times) • Lecture 1: Mitosis, Meiosis and the life cycles o Cell division: makes new daughter cells. Everything has to be the same when you  compare the two new daughter cells o Parts of the cell cycle: G1, S, G2, M o Jobs of the centromere: provide a region for the binding of the microtubules and it  also allows for cohesins to keep the chromosomes together.  o .n▯n this is mitosis. 2n▯2n is also caused by mitosis.  o .n▯2n is caused by fertilization. 2n▯n is caused by meiosis  o things to remember about the different parts of meisosis  during prophase I, the chromosomes are kept together by the synaptonemal  proteins that form the synaptonemal complex/  o you need to know about the different kinds of life cycles that exist in plants, fungi,  and animals. o Haploid = one set of chromosomes o Diploid = two sets of chromosomes • Lecture 2: Chromosomes during the cell cycle o Nucleic acid rules  Made of triphosphate nucleotides Victory Obiefuna  Made using a single stranded DNA template  Made in the five prime to three prime direction  Pair antiparallel  Pair with complementary base pairing o DNA + Histones = Nucleosomes. The nucleosomes are used to shorten the DNA and  help to keep it compact o Adding cohesins to that is needed to form a proper mitotic chromosome • Lecture 3: Human Chromosomes o Different locations of telomeres: telocentric (at an end), acrocentric (near an end),  metacentric (in the middle) o P arm = short. o Q arm = long o Naming system for chromosome bands = 5q15   Chromosome 5. Q arm. Region 1. Band 5.  Different kinds of chromosome arrangements: deletion (del), duplication  (dup), inversion (inv), translocation (t) • Lecture 4: Genes and Chromosomes o Gene: DNA region that codes for an RNA molecule o Allele: different for of a gene. o Check slide 7 to review the conventions for writing about genes and alleles. Victory Obiefuna o Homozygous = two of the same allele. Heterozygous = two different alleles of the  same gene o Purpose of mitosis: two create two genetically identical cells o Purpose of meiosis: to create haploid cells from diploid ones o Purpose of alternating generations: to allow the alleles to mix  Parental alleles: one that the parents had  Recombinant alleles: allelic arrangements that were not present in the parent o Crossing over: non­sister homologous chromosomes exchanging alleles  • Lecture 5: Genes encode proteins o Prototroph: organism that can grow in minimal media o Auxotroph: organism that can not grow in minimal media, but that can grow in  complete media (media that contain all of the nutrients that are required for that  organism to live) o Beadle and Tatum took prototrophic organisms and subjected them to DNA damage  to make them auxotrophic for certain things. This was done to figure out the  biochemical pathways that are involved in certain synthesis reactions.  o YOU NEED TO LOOK AT HOW TO DO THE BIOCHEMICAL PATHWAYS  QUESTIONS. THERE WILL DEFINITELY BE A FEW OF THESE ON THE  FINAL. o Complementation is the production of the wild type phenotype when two mutations  are combined in a cell Victory Obiefuna  If the two mutations are in the same place, there will be no complementation  If the two mutations are in different places, there will be complementation • Lecture 6: Causes of gene mutation o Mutation: change in the DNA that can be passed on the offspring (in this context,  offspring refers to the offspring cell). They can be spontaneous or induced (caused by  a mutagen). o Mutant: cell or organism that is carrying the mutation. o Mutagen: physical or chemical agent that promotes mutations in DNA strands o DNA lesions = damage to the DNA o Take a closer look at the specific kinds of spontaneous and induced mutations that  can occur o Replication slippage in the template will cause a deletion o Replication slippage in the new strand will cause an addition o NHEJ (non homologous end joining proteins) are used to repair dsDNA breaks. But,  they only work if there is only one break (see notes for details) o Mutation rate is proportional to the amount of mutagen that is available in the  environment  Typically, the DNA repair enzymes will be able to fix any of the potential  mutations that they spot. So, as the amount of mutagen increases, there will  be little or few mutations. However, at a certain point the DNA problems  Victory Obiefuna become too numerous for the DNA repair enzymes to cope with the  workload.  • Lecture 7: Consequences of gene mutation o Classifications of point mutations  Basepair substitutions  Indel o If a mutation happens in the promoter, the RNA pol will not be able to bind. o If the mutation occurs in the regulatory region, the gene will be on/off when it is not  supposed to be on/off. o If the mutations happen in a splice site, the size of the mRNA will not be what it is  supposed to be o Types of mutations that result from mutations in the ORF  Silent mutations: mutations of the mRNA that have no effect on the protein  that is produced  Missense: the wrong amino acid is used  Nonsense: a stop codon is put into the wrong spot o Severity of mutations  Neutral: having no effect on the protein  Hypomorph: decreased amount of activity of the protein  Amorph (null): the protein is absent or ENTIRELY nonfunctional o Forward and reverse mutations. They are important. Know about them. Victory Obiefuna o UNDERSTAND HOW THE AMES TEST WORKS AND HOW TO PERFORM  IT AND WHAT IT MEANS WHEN YOU ARE TESTING THE MUTAGENIC  EFFECT OF A SUBSTANCE. KNOW IT WELL, YOUNG CHILD.  o Mutations in multicellular organisms  Germline mutations: mutations that only affect the offspring of the  organism  Somatic mutations: the individual is affected and not the offspring • Lecture 8: Usefulness of gene mutations o Knocking out genes can happen. Just so you know. Keep that in mind • Lecture 9: Mendel o Genetic cross: an experiment in which the males and females of a model organism are  mated to produce offspring o Reciprocal cross: if organism 1 had genotype A and organism 2 had genotype B during  the cross, you will mate them so that organism 1 has genotype B and organism 2 has  genotype A.  This is usually used to try and figure out if a gene is X­linked or not. o Mendel’s First Law: The Law of Segregation  The two alleles of a gene separate during gamete formation and end up in  different gametes o Mendel’s Second Law: The Law of Independent Assortment  Gene pairs separate independently during gamete formation Victory Obiefuna o Test cross: when you cross a know homozygote recessive organism with an organism  that has at least one dominant allele to figure out if it is homozygous or heterozygous  for said allele. o Monohybrid: an organism that is heterozygous for one gene in question o Dihybrid: an organism that is heterozygous for two genes in question • Lecture 10: Classical Genetics o Genetic crosses ▯used to establish dominance o Test cross ▯ used to see if something is heterozygous or homozygous for a dominant  allele o Reciprocal cross ▯used to see if a gene is on the X chromosome o Dihybrid self cross/intercross ▯used to see if there is any gene interaction o Dihybrid test cross ▯ used to see if genes are on the same chromosome or not o Probability ▯  Probability that two things will happen ▯ multiply numbers to each other  Probability that one thing or another thing will happen ▯ add them up  Probability that one thing will happen or won’t happen ▯ subtraction rule  with the number 1 representing the chance that something will happen + the  chance that the same something will not happen.   TRY AND FIGURE OUT HOW TO DO THE PROBABILITY  QUESTION ON THE LAST SLIDE OF LECTURE 10.  • Lecture 11: Interactions between alleles Victory Obiefuna o Pleiotropy: one gene has many phenotypic traits. o Incomplete dominance: the combination of the two homozygous genotypes produces  an intermediate phenotype. Eg: red flower + white flower = pink flower o Codominance: when both of the homozygous phenotypes are present in the  heterozygote o Lethal alleles: alleles that prevent the activity of an essential gene o Multiple alleles: more than one wildtype and more than one mutant • Lecture 12: Sex Chromosomes o Know about all of the different ways that the sexes work  o Sex determination  It’s environmental in turtles  It’s based on a single gene in asparagus  In bees and wasps, sex determination is based on the number of sets of  chromosomes that the organism has  Humans and fruit flies use the XY system of sex chromosomes  The X and Y chromosomes have a pseudo autosomal region as well as a bunch  of genes that are very different. So, during spermatogenesis, the crossover  happens in the pseudoautosomal region  Dosage compensation • Mammals: The female (XX) does the dosage compensating by making  Barr bodies Victory Obiefuna
More Less

Related notes for BIOL201

Log In


Join OneClass

Access over 10 million pages of study
documents for 1.3 million courses.

Sign up

Join to view


By registering, I agree to the Terms and Privacy Policies
Already have an account?
Just a few more details

So we can recommend you notes for your school.

Reset Password

Please enter below the email address you registered with and we will send you a link to reset your password.

Add your courses

Get notes from the top students in your class.