Study Guides (248,578)
Canada (121,621)
55-211 (16)
Swan (1)
Final

55-211 lab exam review.pdf
Premium

5 Pages
174 Views
Unlock Document

Department
Biological Sciences
Course
55-211
Professor
Swan
Semester
Fall

Description
55-211 Lab Final Exam Review 2012-11-19 2:45 PM 2  hours  long,  short  answer  format,  50  marks,  bring  calculator   -­‐not  memorizing,  mostly  understanding  the  concepts  and  how  to  apply  them   -­‐chi  square  question   -­‐gels  on  it   -­‐all  equations  given   -­‐important  to  understand  the  solutions  (wizard  kit,  ethidium  bromide,  etc)   -­‐understand  PCR     1)  Chi  Square   • x^2  =  E    (obs  –  exp)^2                                          E  being  sum  of  EVERYTHING!                          exp   • x^2  à  p  value  which  is  significance   • rejected  (population  is  not  in  HWE)  y  different  from  expected,  null  hypothesis   • p  >  0.05  =  observed  are  NOT  significantly  different  than  expected,  null  hypothesis   accepted  (population  is  in  HWE)     2)  PCR   • Purpose:  to  amplify  DNA   • Use  primers  to  help  decide  which  section  of  DNA  will  be  amplified   • Time  on  x  axis,  temperature  on  y  axis   • We  start  at  a  very  high  temperature  (~95  C).  In  this  step,  denaturation  occurs  (this   step  is  called  denaturation).  The  double  strand  of  DNA  breaks  apart  into  2  single   strands  of  DNA.     • At  the  second  step,  the  temprature  drops  to  around  50-­‐60  C.  This  step  varies  and   depends  on  the  primers  that  you  use.  This  step  is  called  annealing.  The  primers   attach  to  where  they  are  complimentary  on  the  2  strands.  There  is  a  forward  primer   on  one  strand  and  a  reverse  primer  on  the  other  strand.  The  primers  attach  and  set   up  where  the  DNA  polymerase  is  going  to  replicate  the  DNA.  Primers  are  specific  to   a  certain  sequence  of  DNA;  primers  should  be  selective  and  specific  to  different   organisms/genes.     • At  the  third  step,  the  temperature  goes  up  a  little  bit  again  to  72  C.  This  step  is  called   elongation.  Taq  is  used  because  it  can  withstand  all  these  high  temperatures;  it   comes  from  hydrothermal  vents  so  it  doesn’t  denature  like  most  enzymes  at  these   tempratures.  Taq  adds  free  nucleotides  (called  dNTPs)  to  the  DNA  strand.  Taq   attaches  dNTPs  to  their  complimentary  bases.  This  is  how  we  amplify  and  get  copies   of  DNA.  Taq  pulls  in  the  nucleotides  and  they  attach  complimentary  to  the  previous   starnd  of  DNA.  DNA  replication  occurs  here.  You  end  up  with  2  double  stranded  DNA   of  each  original  1  strand  of  DNA  (thus  total  of  4,  aka  dna  replication).  This  is   repeated  like  30  times  until  we  have  millions  of  copies  of  that  single  fragment  where   the  primers  originally  attached  to.  PCR  won’t  work  without  primers!  Nothing  willb  e   amplified.     • See  picture   • Alternative  hypothesis  is  the  opposite  of  a  null  hypothesis     3)  Controls:   • Positive  control:     o Usually  known  DNA   o Used  in  transgenic  lab  for  a  fish  that  we  knew  was  transgenic   o Tells  you  what  your  results  should  look  like   • Negative  control:   o Usually  just  water   o Tells  you  if  you  have  contamination   o For  example,  if  a  band  shows  up,  it  means  there  is  contamination  because  no   band  should  show  up  with  PCR  with  only  water  (aka  DNA  is  in  the  negative   control!)     Above  is  all  the  main  topics  that  should  be  known     4)  Lab  1:  counted  corn  kernels,  learned  how  to  pipet,  product  &  sum  rules   • Know  Mendel’s  principles   o A)  segregation   o B)  independent  assortment   • Know  whether  these  2  apply  to  monohybrid  cross  (deals  with  1  trait,  has   segregation)  or  dihybrid  cross  (deals  with  2  traits,  has  independent  assortment)   • Null  hypothesis  may  include  these  principles  (include  them  in  a  conclusion  etc)   • Product  and  sum  rules   o Helps  figure  out  probabilities   o Product  rule  (uses  and)   § Ex:  what  is  the  probability  of  rolling  a  1  and  a  5  on  a  die  (1/6  x  1/6  =   1/36)   o Sum  rule  (uses  or)   § Ex:  what  is  the  probability  of  rolling  a  1  or  a  6  on  a  die  (1/6  +  1/6  =   2/6)   o Should  know  that  you’re  way  more  likely  to  roll  any  2  numbers  than  to  roll  2   specific  numbers  in  a  row   • Using  pipets:   o Know  the  range  of  each  pipets  (P10,  P20,  P200)   o Which  one  is  more  accurate  for  the  volume  you  want   • Gel  electrophoresis:   o Were  sending  an  electrical  current  through  it  to  move  DNA  from  a  negative   pole  to  a  positive  pole  (because  DNA  is  negative,  it  travels  towards  the   positive  pole)   o Loading  dye  adds  color  and  density  to  samples  (allows  you  to  see  them)  and   allows  to  sink  into  the  well.  Ethidium  bromide  is  used  to  visualize  DNA  under   UV  light;  we  add  it  before  we  add  the  gels  and  then  take  a  picture?   o DNA  moves  based  on  size  (smaller  fragments  move  faster  than  larger   fragments)  and  the  charge   o X^2  calculations  important   • See  picture     5)  Lab  2:  restriction  enzyme  lab   • What  is  a  restriction  enzyme?  How  does  it  work?  What  does  it  do?   • Recognition  site   • Is  a  palindrome  (reads  the  same  on  both  strands  from  5’  to  3’)   o Ex  5’  CCGG  3’            3’  GGCC  5’   • Know  the  difference  between  sticky  and  blunt  ends  (blunt  ends  would  cut  through   middle  of  CC|GG,  GG|CC  above,  whereas  sticky  ends  would  cut  CCG|G  and  GG|CC   of  the  example  above)   • Restriction  mapping   o Enzyme  A  –  produced  3  fragments:  783  –  110  –  66  bp   § If  it  has  3  fragments,  that  means  there  was  2  cut  sites  (the  enzyme  cut   twice)   o Enzyme  B  –  produced  2  fragments:  591  –  368  bp   § If  it  has  2  fragments,  that  means  there  was  1  cut  side  (the  enzyme  cut   once)   o Putting  the  2  enzymes  together:  you  get  3  cut  sites  and  4  fragments:  481  –  66   –  302  –  110   • First  step:  see  which  A+B  fragments  are  in  A  and  B  by  themselves   o 66  is  in  A  –  A  cut  once  here     o 110  is  in  A  –  A  cut  again  here   o These  that  are  the  same  will  be  on  the  ENDS  of  the  restriction  map!  (very   important!)  doesn’t  matter  whether  left  or  right  at  first   o You  know  that  B  only  cuts  once  more  in  order  to  produce  4  fragments  and  3   sites   o Remaining  is  481  and  302,  where  do  they  go  around  the  cut  of  B  in  the   middle?   § 110  +  302  =  412      à  not  produced  anywhere   § 110  +  481  =  591      à  PRODUCED  BY  B!  Thus  481  must  be  beside  110   (on  the  right  of  the  B  cut  in  the  middle)   § 302  is  left,  and  you  know  this  will  be  beside  66  (on  the  left  of  the  B   cut  in  the  middle   o The  exact  opposite  order  would  also  be  right  (eg  110  –  481  –  302  –  66).  This   is  because  it  doesn’t  matter  which  of  the  2  ends  goes  o
More Less

Related notes for 55-211

Log In


OR

Join OneClass

Access over 10 million pages of study
documents for 1.3 million courses.

Sign up

Join to view


OR

By registering, I agree to the Terms and Privacy Policies
Already have an account?
Just a few more details

So we can recommend you notes for your school.

Reset Password

Please enter below the email address you registered with and we will send you a link to reset your password.

Add your courses

Get notes from the top students in your class.


Submit