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Chapter 16

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Dr.Da Silva

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• RNA polymerase enzymes responsible for synthesizing mRNA • NTP like dNTPs except that they contain sugar ribose instead of deoxyibose • RNA polymerase produces a sequence that is complementary to the DNA strand • The strand that is read by the enzyme is called the template strand • The other strand is called the coding strand or nontemplate strand • RNA polymerase does not require a primer to begin transcription • One one RNA polymerase in bacteria but three in eukaryotes o Each transcribe only certain types of RNA o RNA pol II is the only one that transcribes genes that code for  proteins and produce mRNA o RNA pol I: transcribes genes that code for most of the large RNA  molecules found in ribosomes o RNA pol II: transcribes genes that code for proteins and produce mRNA  o RNA pol III: transcribes genes that code for transfer RNA (tRNA), non  coding RNA, one of the small RNA found in ribosomes • The initiation phase tells RNA polymerase where to start transcription on the  DNA template • RNA polymerase cannot begin transcription on its own, instead a protein subunit  called sigma must bind to the polymerase before transcription • A holoenzyme (whole enzyme) an RNA polymerase and sigma • Researchers found that the holoenzyme bound tightly to specific regions of DNA,  these are called the promoter regions • DNA located in the direction that RNA polymerase moves is called downstream,  the opposite is upstream • Many eukaryotic promoters include a uniqe 30 base pair sequence called the  TATA box upstream from transcription site • Sigma makes initial contact with RNA polymerase meaning it is the regulatory  protein • For eukaryotes, proteins known as basal transcription factors bind to the  appropriate promoter region and initiate transcription • Basal transcription factors not a part of the holoenzyme, assembled at promoter  first then RNA polymerase follows • Initiation Transcription in Bacteria o Sigma bind to promoter region of DNA o Sigma opens up DNA helix, transcription begin, NTPs bind to comp bases  on DNA strand  o Sigma is released, mRNA synthesis continues • Once RNA polymerase begins moving along DNA in 3’ to 5’ but synthesizing  RNA in 5’ to 3’ elongation phase has started • The termination phase occurs mostly when the RNA polymerase reaches a DNA  sequence that function as a transcription termination signal • When these transcription termination signals are reached two shapes can be  formed in the mRNA o Hairpin loop where it fold in on itself o Or it completely is removed from the holoenzyme • Different sigma proteins have different amino acid sequences therefore they are  able to bind to different DNA stretches that differ in base sequence • NTPS are required because three phosphate groups raise the monomers potential  energy high enough to make the reaction exergonic • In eukaryotes, in contrast to bacteria, DNA is not converted to mRNA completely • When the eukaryotic gene is transcribed, the product is an immature primary  RNA transcript.  Before these are transcribe, they must go through complex steps • Non­coding regions of DNA are extra sections of DNA that do not have an  equivalent sequence of mRNA. • Non­coding sections must be removed before translation • Regions of final mRNA be referred to as mRNA while sections not in te mRNA  be referred to as introns (because they intervene) • Introns are the reason that eukaryotic genes are much longer than their  corresponding mature RNA trasncripts • RNA splicing  o As transcription proceeds, the introns are removed from the growing RNA  strand by a process known as splicing • When introns and removed and the exons are joined together, they make mature  mRNA/mRNA o snRNPs (small nuclear ribonucleoproteins) bind to the start of the intron  and a key Adenine base o snRNPs assemble to form the splicesosome  o intron is cut and the loop forms where 5’end of intron is covalently  attached to the adenine base o intron is released exons join together • the spliced intron usually degraded into ribonucleotide monophosphates • as soon as a 5’end comes out of the RNA polymerase enzymes add a structure  called the 5’ cap to it which consists of the molecule 7­methyl­guanylate and three  phosphate groups • an enzyme cleaves the 3’ end of most RNA once transcription is complete and  another enzyme adds 100­250 adenine nucleotides not encoded c
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