BISC 202 Chapter Notes -Histone Code, Repressor, Chromatin
48 views13 pages
Published on 27 May 2014
School
Department
Course
Professor
12
Regulation of Gene Expression
in Eukaryotes
!
!
WORKING WITH THE FIGURES
1.! "#!$%&'()!*+,-.!/)(01%#!2'010%3#4!5)/()14)!06)!()710%8)!0(1#4/(%90%3#!(10)!3:!06)!
E,&73;%#!&)#)<!=6)()!1()!06)4)!2'010%3#4!73/10)5.!1#5!63>!53!06)?!)@)(0!06)%(!
)::)/04!3#!0(1#4/(%90%3#A!!
!
! B#4>)(C!D6)!2'010%3#4!0610!5)/()14)!0(1#4/(%90%3#!177!:177!>%06%#!06)!9(32303(,
9(3@%217! 1#5! 9(32303(! )7)2)#04.! >6%/6! 1()! 73/10)5! '940()12! 3:! 06)! /35%#&!
()&%3#! 1#5! 4)(8)! 14! ;%#5%#&! 4%0)4! :3(! EFB! G37""! 1#5! &)#)(17! 0(1#4/(%90%3#!
:1/03(4<!H'010%3#4!%#!06)4)!()&%3#4!6%#5)(!9(30)%#,IFB!%#0)(1/0%3#4!1#5!06)();?!
()5'/)! 0(1#4/(%90%3#<! ! D6)! :%&'()! 463>4! 0610! 06%4! ()5'/0%3#! /1#! ;)! 4';401#0%17!
>6)#!)8)#!1!4%#&7)!#'/7)30%5)!%4!/61#&)5<!
!
!
2.! J14)5!3#!06)!%#:3(210%3#!%#!$%&'()!*+,K.!63>!53)4!L17-!()&'710)!:3'(!5%::)()#0!
GAL! &)#)4! 10! 06)! 412)! 0%2)A! M3#0(140! 06%4! 2)/61#%42! >%06! 63>! 06)! N1/!
()9()443(!/3#0(374!06)!)@9()44%3#!3:!06())!&)#)4<!!
!
! B#4>)(C!L17-!614!1!IFB!;%#5%#&!5321%#!0610!01(&)04!1!49)/%:%/!OBP!4)Q')#/)<!!
D6%4! 4)Q')#/)! %4! 9()4)#0! %#! 06)! )#61#/)(!()&%3#!3:!:3'(!5%::)()#0!LBN!&)#)4<!!
L17-! %4! 1;7)! 03! 1/0%810)! 0(1#4/(%90%3#! :(32! 06)! :3'(! 4)91(10)! LBN! 9(3230)(4!
06(3'&6! %04! /191/%0?! 03! ;%#5! >%06! 177! :3'(! OBP4<! ! "#! 9(3R1(?30)4.! 06)! N1/!
()9()443(!/3#0(374! )@9()44%3#!3:! 06())!&)#)4! ;?!;73/R%#&!3(!'#;73/R%#&!1//)44!
3:! EFB! G37?2)(14)! 03! 1! 4%#&7)! 9(32303(! ()&%3#! 0610! %4! /3223#! 03! 177! 06())!
&)#)4<! ! D6)4)! 0>3! ()&'7103(?! 4?40)24! 1()! 4%2%71(! %#! 0610! &)#)4! %#8378)5! %#!
2)01;37%/! 9106>1?4! :3(! 1! 49)/%:%/! 4'&1(! 1()! /33(5%#10)7?! %#5'/)5! ;?! 06)!
9()4)#/)!3:!06)!4'&1(<!
!
!
3.! "#!1#?!)@9)(%2)#0.!/3#0(374!1()!)44)#0%17!%#!3(5)(!03!5)0)(2%#)!06)!49)/%:%/!)::)/0!
3:!/61#&%#&!432)!91(12)0)(<!"#!$%&'()!*+,S.!>6%/6!/3#40('/04!1()!06)!T/3#0(374U!
0610! 4)(8)! 03! )401;7%46! 06)! 9(%#/%97)! 0610! 1/0%810%3#! 5321%#4! 1()! 235'71(! 1#5!
%#0)(/61#&)1;7)A!!
!!M6190)(!D>)78)!V+K!
!
! B#4>)(C! M3#0(374! 71/R! /)(01%#! )@9)(%2)#017! 0()102)#04.! 03! )401;7%46! 1! ;14)7%#)!
:3(!()437'0%3#!3:!0()102)#0!)::)/04<!!"#!06%4!:%&'().!3#)!/3#0(37!W>)!/3'75!/177!06%4!
1! 934%0%8)! /3#0(37X! %4! %77'40(10)5! %#! 91#)7! a.! >6%/6! 5)23#40(10)4! #3(217!
)@9()44%3#! 3:! 06)! 71/Y! ()93(0)(! >6)#! 06)! L17-! IFB! ;%#5%#&! 5321%#! 1#5!
1/0%810%3#!5321%#!1()!;306!9()4)#0<!D6)!306)(!4)0!3:!/3#0(374!W#)&10%8)!/3#0(374X!
/3#4%404! 3:! IFB! ;%#5%#&! 5321%#4! :(32! N)@B! 1#5! L17-! 0610! 71/R! 1/0%810%3#!
5321%#4<!!D6)?!463>!0610!%#!06)!1;4)#/)!3:!1#!1/0%810%3#!5321%#.!06)!()93(0)(!
&)#)! 71/Y! %4! #30! )@9()44)5<! D3&)06)(.! 06)4)! /3#0(374! 1773>! 1! (3;'40!
%#0)(9()010%3#!3:!91#)7!5.!>6)()!1!N)@B,L17-!6?;5(%5!%4!'4)5.!>6%/6!%4!0610!06)!
210/6! ;)0>))#! 06)! 1/0%810%3#! 5321%#! 1#5! 06)! 9(32303(! ()&%3#! 1/0%810)4!
0(1#4/(%90%3#!%#5)9)#5)#07?!3:!06)!IFB!;%#5%#&!5321%#<!
!
!
4.! M3#0(140! 06)! (37)! 3:! 06)! HMH*! 9(30)%#! %#! 5%::)()#0! ?)140! /)77! 0?9)4! 463>#! %#!
$%&'()! *+,*Z<! [3>! 1()! 06)! a,49)/%:%/! &)#)4! /3#0(377)5! 5%::)()#07?! %#! 5%::)()#0!
/)77!0?9)4A!!
!
! B#4>)(C! "#! a! /)774.! HMH*! 9(30)%#! 1/04! 173#)! 03! 1/0%810)! a,49)/%:%/! &)#)4<! Į,
! 49)/%:%/! &)#)4! 1()! #30! 1/0%810)5! ;)/1'4)! 06)! #)/)441(?! 6)79)(! 9(30)%#4! 1()! #30!
! 9()4)#0!%#!a!/)774<!!"#!Į /)774.!Į*!9(30)%#!;%#54!>%06!HMH*!03!1/0%810)!Į,49)/%:%/!
! &)#)4<! B#306)(! 9(30)%#.! Į+! ;%#54! >%06! HMH*! 03! 9()8)#0! 1/0%810%3#! 3:! a,
! 49)/%:%/! &)#)4<! ! "#! a/Į! 6?;(%54.! #)%06)(! 06)! a,49)/%:%/!#3(! 06)! Į,49)/%:%/!&)#)4!
! 1()!!1/0%810)5! ;)/1'4)! HMH*! %4! 9()8)#0)5! :(32! 1/0%810%#&! a,49)/%:%/!&)#)4! ;?!
! 06)! 9()4)#/)! 3:! Į+! 9(30)%#.! 1#5! Į*.! >6%/6! %4! #)/)441(?! :3(! 1/0%810%3#! 3:! Į,
! 49)/%:%/!! &)#)4.!%4! ()9()44)5!;?!1#! a*\Į+!/3297)@<!"#!a! /)774.!a,49)/%:%/!&)#)4!
! 1()!!1/0%810)5!;?!HMH*!173#)<!!"#!306)(!/)774.!06)!1/0%810%3#!3:!a,49)/%:%/!&)#)4!
! %4!9()8)#0)5!;?!Į+\HMH*<!
!
!
5.! "#!$%&'()!*+,**;.!%#!>610!/6(32343217!()&%3#!1()!?3'!7%R)7?!03!:%#5!06)!2340!
[*!6%403#)!9(30)%#A!!
!
! B#4>)(C!$%&'()!*+,**/!%77'40(10)4!81(%10%3#!%#!06)!5)#4%0?!3:!/3#5)#410%3#!173#&!
1! /6(323432)<! ! [*! 6%403#)! %4! )8)#7?! 5%40(%;'0)5! 173#&! 1#! '#/3#5)#4)5!
/6(3210%#!:%;)(!W463>#!%#!*+,**1X.!1#5!06)!5)#4%0?!%#/()14)4!>%06!06)!%#/()14%#&!
/3#5)#410%3#!3:!06)!/6(323432)<!D6)!2340![*!6%403#)!>3'75!;)!:3'#5!>6)()!
06)!/6(323432)!%4!2340!/3#5)#4)5.!%#!06)!6)0)(3/6(3210%#!W5)9%/0)5!%#!()5!%#!
06)!:%&'()X<!
!
!
6.!=
610!%4!06)!/3#/)90'17!/3##)/0%3#!;)0>))#!$%&'()4!*+,*V!1#5!*+,*]A!!
!
! B#4>)(C! $%&'()! *+,*V! 5)9%/04! 1! &)#)(17! 235)7! :3(! 63>! /6(3210%#! ()235)7%#&!
/1#!'#/38)(! 9()8%3'47?! 6%55)#!()&%3#4! 173#&!06)! /6(323432)<!!! $%&'()!*+,*]!
463>4! 06)! 5)01%74! 3:! 63>! P=",PF$! 91(0%/%910)4! %#! /6(3210%#! ()235)7%#&! 03!
)@934)!06)! DBDB!;3@! 3:!ȕ,%#0)(:)(3#.!1773>%#&!;%#5%#&!3:! 06)!DBDB!;%#5%#&!
! ! ! ! ! ! ! ! M6190)(!D>)78)! V+S
9(30)%#! 1#5! %#%0%10%3#! 3:! 0(1#4/(%90%3#<! ! J306! %77'40(10)! 06)! 412)! ;14%/! 9(3/)44.!
;'0!*+,*V!%4!1!&)#)(17!235)7!1#5!*+,*]!463>4!06)!5)01%74!:3(!1!49)/%:%/!&)#)<!
!
!
7.!"#!$%&'()!*+,*].!>6)()!%4!06)!DBDB!;3@! 73/10)5! ;):3()! 06)! )#61#/)3432)!
:3(24!10!06)!039!3:!06)!:%&'()A!!
!
!B#4>)(C!J):3()!06)!)#61#/)3432)!:3(24.!06)!DBDB!;3@!%4!73/10)5!>%06%#!06)!
()&%3#!3:!06)!/6(323432)!;3'#5!03!06)!/3()!6%403#)!9(30)%#4<!!"0!%4!%#1//)44%;7)!
03!06)!DBDB!;%#5%#&!9(30)%#!43!0(1#4/(%90%3#!/1##30!;)!%#%0%10)5<!!$3(210%3#!3:!
06)! )#61#/)3432)! '#/38)(4! 06)! DBDB! ;3@.! 1773>%#&! 0(1#4/(%90%3#! 03! ;)!
%#%0%10)5<!
!
!
8.! N)0^4!41?!0610!?3'!618)!%#/()5%;7)!4R%77!1#5!/1#!%43710)!06)!>6%0)!1#5!()5!910/6)4!
3:! 0%44')! :(32! 06)! Drosophila! )?)4! 463>#! %#! $%&'()! *+,+-! %#! 3(5)(! 03! %43710)!
2EFB!:(32!)1/6!0%44')!9()91(10%3#<!O4%#&!?3'(!R#3>7)5&)!3:!IFB!0)/6#%Q')4!
:(32! M6190)(! *Z.! 5)4%&#! 1#! )@9)(%2)#0! 0610! >3'75! 1773>! ?3'! 03! 5)0)(2%#)!
>6)06)(!EFB!%4!0(1#4/(%;)5!:(32!06)!>6%0)!&)#)!%#!06)!()5!0%44')!3(!06)!>6%0)!
0%44')!3(!;306<!":!?3'!#))5!%0.!?3'!618)!1//)44!03!(15%31/0%8)!>6%0),&)#)!IFB<!!
!
! B#4>)(C!":!4'::%/%)#0!EFB!/3'75!;)!%43710)5!:(32!06)!5%::)()#0!0%44')!910/6)4.!1!
F3(06)(#! ;730! /3'75! ;)! 53#).! %#! >6%/6! EFB! :(32! )1/6! 0%44')! 910/6! %4!
:(1/0%3#10)5! ;?! &)7! )7)/0(3963()4%4.! 06)#! 9(3;)5! >%06! (15%31/0%8)7?! 71;)7)5!
>6%0),&)#)!IFB<!!G()4)#/)!3:!1!(15%31/0%8)!;1#5!>3'75!%#5%/10)!2EFB!:(32!
06)!>6%0)!&)#).!1#5!>3'75!;)!)@9)/0)5!%#!06)!()5!0%44')<!N1/R!3:!1!(15%31/0%8)!
;1#5!>3'75!%#5%/10)!#3!>6%0),&)#)!2EFB!1#5!>3'75!;)!)@9)/0)5!%#!06)!>6%0)!
0%44')<! ! M3#0(37! 71#)4! 3#! 06)! &)7! >3'75! /3#4%40! 3:! EFB! :(32! >6%0)! &)#)!
>%750?9)4.!>6%/6!>3'75!618)!177!()5!)?)4.!1#5!>6%0)!&)#)!2'01#04.!>6%/6!>3'75!
618)! 177! >6%0)! )?)4<! ! D6)! 23()! 7%R)7?! /14)! %4! 0610! 8)(?! 7%007)! EFB! >3'75! ;)!
9()4)#0<!!"#!06%4!)8)#0.!/IFB!/3'75!;)!4?#06)4%_)5!:(32!06)!EFB!'4%#&!()8)(4)!
0(1#4/(%9014)<! ! D6)! /IFB! /3'75! 06)#! ;)! 1297%:%)5! >%06! GME! '4%#&! 9(%2)(4!
'#%Q')!03!06)!>6%0)!&)#)<!!B297%:%/10%3#!3:!>6%0),&)#)!IFB!>3'75!%#5%/10)!06)!
9()4)#/)! 3:! 1! >6%0)! &)#)! 0(1#4/(%90.! 1#5! >3'75! ;)! )@9)/0)5! :(32! ()5! 0%44')<!!
N1/R! 3:! 1297%:%/10%3#! >3'75! 2)1#! 06)! >6%0)! &)#)! 0(1#4/(%90! >14! 1;4)#0! 1#5!
>3'75! ;)! )@9)/0)5! %#! 06)! >6%0)! 0%44')<! ! "#! 06%4! )@9)(%2)#0.! (15%31/0%8)! >6%0),!
&)#)! IFB! >3'75! #30! ;)! #))5)5! ;)/1'4)!5)0)/0%3#!3:!06)!>6%0),&)#)!2EFB!
>3'75!;)!;14)5!3#!>6)06)(!3(!#30!06)!IFB!1297%:%)5<!
!
!
9.! "#!$%&'()!*+,+K.! 9(38%5)! 1!;%3/6)2%/17!2)/61#%42! :3(!>6?! [G,*! /1#!;%#5! 03!
06)! IFB! 3#7?! 3#! 06)! 7):0! 4%5)! 3:! 06)! ;1((%)(! %#4'7103(<! P%2%71(7?.! >6?! /1#!
[HD14)!;%#5!3#7?!03!06)!IFB!3#!06)!7):0!3:!06)!;1((%)(!%#4'7103(A!!
!
! B#4>)(C! D6)! ;1((%)(! %#4'7103(! ()/('%04! [BD.! >6%/6! 6?9)(1/)0?710)4! #)1(;?!
6%403#)4<! ! D6%4! %#6%;%04! ;%#5%#&! 3:! [HD14).! 1#5! 9()8)#04! 2)06?710%3#! 3:!
6%403#)4<! ! =%063'0! 2)06?710%3#.! [G,*! /1##30! ;%#5! 1#5! 5(%8)! 06)! :3(210%3#! 3:!