Study Guides (248,609)
Canada (121,634)
BIOL107 (64)
A L L (7)

Bio 107 Lab Final REVIEW.docx

11 Pages

Biology (Biological Sciences)
Course Code

This preview shows pages 1,2 and half of page 3. Sign up to view the full 11 pages of the document.
Bio 107 Lab Lab 1 – Introduction, Microscopes, Scientific Method and Osmosis Pure Culture – isolated group of genetically identical cells Aseptic Technique – sterile technique to reduce contamination of microorganisms into a  pure culture, and to prevent bacteria from hurting you/environment, sterilize, reduce  exposure to air time, work in clean areas Colony – microorganisms that have grown and divided into a small mass of genetically  identical cells, large enough to be seen with naked eye Medium – solution/solid containing nutrients so that cells can grow and divide ­Swabbing Surfaces in Lab: all have microorganisms, potential contaminants Conversions: 1 mm = 1000 m m 1 m m = 1000 nm   Light Microscope – light travels through light source, illuminates specimen and creates  an image which is magnified by lenses Condenser Lens – focuses light from light source on the specimen, under the  stage, has knobs that move it up and down Objective Lens – magnifies the image of the specimen, projects image into body  tube, on rotating nosepiece, 4X, 10X, 40X and 100X Ocular Lens – magnifies image and inverts it for better viewing (10X in lab), aka  eyepiece, contains ocular micrometer Light Source – lamp Condenser Diaphragm – controls amount of light entering lens system, reducing  light improves contrast (lever under stage) Stage – horizontal, slide placed on it Coarse Adjustment Knob – moves stage up and down to bring into focus, with  4X and 10X only Fine Adjustment Knob – brings sharper focus, used at all powers Body Tube – hollow, light travels from objective to ocular lens, prism to direct  light rays Total Magnification = Magnification­Ocular Lens x Magnification­Objective Lens Resolution – capacity to distinguish two adjacent points as being distinct Resolution Value – minimum distance required between two points to remain  identifiably separate Scientific Method – series of steps taken to answer a specific question of interest 1. Formulate an idea or question (usually comes from an observation) 2. Formulate a hypothesis – educated guess answer to your question based on  prior knowledge 3. Test hypothesis by observation and/or experimentation. Variable – one things different between groups in a test Experimental Group – tests effect of independent on dependent variable Control Group – examines dependent without independent variable Independent Variable – manipulated variable of interest Dependent Variable – responding, measured result of manipulation Constants – factors kept the same between groups, independent variable  should be only difference between experimental and control Solvent Control Group – examines the solvent, tests that solvent doesn’t  affect dependent variable 4. Draw a conclusion based on data obtained.  Either refute or support your  hypothesis (not proven). 5. Hypothesis to theory (after many test of a hypothesis) Osmosis – water movement across a semi­permeable membrane, passive transport, water  moves from an area of low solute to high solute concentration ­Cell survival depends on their ability to regulate influx and efflux of water ­Cell walls constrains size of cytoplasm, prevents membrane rupturing Hypotonic Solution – lower solute [ ] than cell  ▯cell swells –  turgid Hypertonic Solution – higher solute [ ] than cell  ▯water leaves cell –  plasmolysis Isotonic Solution – same [ ], no net mov’t of water  ▯reduced pressure –  flaccid ­Marine algae should be able to handle higher [ ] salt solutions (Tetraselmis: motile, tiny,  round) ­Fresh water algae should only be able to handle lower [ ] salt solutions before dying  from plasmolysis (Mesotaenium: longer ovals) Lab 2 – Streaking Bacterial Cells, Membrane Structure and Function ­Membrane functions: separation from external environment, organization into  organelles, and regulation of transport ­Role of structure studied by disrupting one or more of its functions ­Used temperatures to disrupt membrane function in Beta vulgaris Betacyanin – red pigment located in central vacuole Tonoplast – membrane surround central vacuole Plasma membrane – surrounded cell ­If these membranes damaged – betacyanin will leak out of cells and increase  concentration of betacyanin in surrounding solution (measured indirectly and  quantitatively by absorbance value) Spectrophotometry: ­Objects appear coloured because they absorb some of the visible spectrum and  reflect the other wavelengths (cause their colour) Chromophore – part of a molecule that absorbs energy from light to excite its  electrons, wavelength causing highest absorbance unique to chromophore (set  spectrophotometer to specific wavelength of choromophore) ­Can create Absorption spectrums showing amount of light absorbed at different  wavelengths ­Can measure concentration based on absorbance measurements ­Four parts: Light source is a tungsten filament lamp emitting white light, which  is split into different colours by a prism, slit selects one wavelength of light, then  the photoelectric tube compares incident light to transmitted light. ­Transmitted light:incident light = Transmittance (T), %age ­Absorbance (A) – negative log of transmittance, wavelength subscript Standard Curve – graph of absorbance and concentration, absorbancies measured with  dilutions of a stock solution (known [ ]), specific to the pigment and buffer, cannot be  extrapolated (have to do a dilution of a solution with unknown concentration if its  absorbance is beyond your standard curve) Dilution (D) = volume of original solution / volume of original + volume of solvent C undilutedCdiluted  Zero – set transmittance to zero with nothing in spectrophotometer Calibrate – set absorbance to zero with blank (all components of sample except  molecule of interest) Optical Density – amount of light that is scattered or absorbed by particles suspended in  solution, measures [ ] of cells in suspension ­Beet experiment: detailed in lab report Liquid Culture – suspension of millions of cells in a liquid medium with all nutrients  required for growth Streaking – way to isolated single bacterial cells from liquid culture, 3 streaks each  coming from each other, use aseptic technique (ex: flame inoculating loop), third streak  will have isolated colonies of different types of bacteria Turbid – not clear, cloudy solution of for example, bacteria Lab 3 – Identification of Bacterial Species ­Identification of species based on: cell and colony morphology, chemical composition of  cell walls, biochemical activities and nutritional requirements ­need pure culture by isolation (Streaking) Gram­Positive Bacteria – thick layer of peptidoglycan surrounding its one membrane,  stain purple Gram­Negative Bacteria – thin layer of peptidoglycan, 2 phospholipid bilayers, outer  membrane surrounding plasma/inner membrane, stain pink Gram stain – produces a colour result dependent of the cell wall structure of the bacteria,  a differential stain dividing the bacteria into two groups 1.  Stai  – Crystal violet – picked up by cell wall of cells fixed to a slide, dyes  peptidoglycan purple 2.  Mordant  – Iodine – increase the affinity of the dye to the peptidoglycan by  forming large complexes with crystal violet, crystals in peptidoglycan 3.  Decolorizing Agent   – Ethanol – dissolves lipids in outer membrane of gram­ negative, wash off CV­I complexes after 10 seconds, gram­negative turn  colourless, the differential step (CV­I will wash off gram­positive but will  take a longer time) 4.  Counterstain  – Safranin – pink/reddish dye that stains gram­negative, gram­ positive still purple Gram­Positive Gram­Negative Length of Exposure Crystal Violet Purple Purple 1 minute Gram’s Iodine Purple Purple 1 minute Ethanol Purple Clear 10 seconds Safranin Purple Pink 1 minute Colony Morphology – shape, size, edge, colour, surface texture, and elevation Cell Morphology – shape, arrangement, external structures, and gram stain Cocci – spherical Bacilli – rod or cylinder shape, long and slender or short Spirilla – corkscrew shape ­arranged singly, in pairs, cluster, chains ­presence or absense of flagella, capsule, slime layer, fimbriae, pili Biochemical Test – many tests need to be performed to determine species of bacteria Motility Test – will swim away from area of injection to lower [ ] of bacteria using one  or many flagella, the bacteria if they move will oxidize tetrazolium salt to red, if no  movement will just be red along stab site Endospore Test – some gram­positive and one gram­negative species can form  endospores, endospores are highly resistant, dehydrated cells with thick walls and layers,  can resist extreme temp., inoculate at 80 degrees and only endospores live, endospores is  turbid, none is clear Glucose Fermentation Test – some bacteria metabolize glucose for their carbon energy  source, medium with glucose and pH indicator phenol red will turn yellow if glucose is  metabolized, if CO  is made, bubbles will get trapped in inverted vial 2 Tryptophanase Test – some bacteria metabolize the amino acid tryptophan for nitrogen,  reaction is catalyzed by enzyme tryptophanase, end product reacts with DMCA and turns  blue, if the cells don’t digest it is pink Oxygen Test – obligate aerobes require oxygen, obligate anaerobes cannot grow in  oxygen, facultative anaerobes can survive with or without oxygen (prefer 0 ),  2 thiogylcollate removes O , 2xygen is only at surface, obligate aerobe will grow at top,  obligate anaerobe will grow below surface, not­motile facultative anaerobes will grow at  top and stab site, motile facultative anaerobes grow everywhere (turbid) Catalase Test – catalase enzyme degrades hydrogen peroxide producing water and O 2  bubbles, some cells can degrade H O  2ec2use it can damage lipids and proteins, if  bubbles bacteria is catalase positive R value – resolution value, minimum distance between objects needed so that they are  visibly separate, smaller value means a better microscope R = 0.61l/N.A. 0.61 – relationship between condenser and objective lenses l ­ of light (visible 400­600 nm) N.A. – numerical aperture, relationship between refractive index of medium and  size and working distance of the lens ­resolution value can be decrease by using smaller wavelength illuminator  (electron microscope) or by increasing the N.A. (immersion oil medium deflects  light less so more light enters objective lens) Empty Magnification – increasing magnification without increasing resolution Lab 4 – Cytoskeleton: Cell Motility and Subcellular Movement Cytoskeleton – functions for cell structure, motility, organelle movement, biological  processes, interact with many organelles Microtubules – used for cell motility, flagella and cilia are made of microtubules­9 outer  doublets and 2 central, cilia can be used to feed by collecting food into oral groove and  forming a food vacuole via phagocytosis, also responsible for organelle movement Microfilaments – amoeboid movement via pseudopodia, microfilaments assemble and  disassemble to create viscous plasmagel and liquid plasmasol, plasmagel microfilaments  interact with myosin to squeeze that part of the cell propelling plasmasol forward into  extending pseudopodium, extendin pseudopodium stabilized by turning plasmasol into  plasmagel, usually not responsible for organelle movement except in Paramecium where  they move food vacuoles Intermediate Filaments – structural roles especially in the nuclear lamina of the  nucleus, cells not undergoing mitosis have intact nuclear lamina Contrast – difference in intensity between object and medium ­stains can increase contrast, stains on living cells are called vital stains – allow  observation of living functions for small time, fixed cells hold stain  ­usually use a bright field microscope, if cells are transparent and medium is  transparent cells appear invisible ­a phase contrast microscope takes advantage of the cell and medium’s different  refractive index, slows light down and eye sees higher refractive indexes darker ­a fluorescence microscope lets you see glowing specimens under light, some  cell structures need stain to fluoresce, others are autofluoresce, a dichroic mirror  permits wavelengths emitted by the specimen ­Ingestion and digestion in Paramecium single celled protist – detain to slow movement,  congo red dye infused yeast, when digested congo red in a good vacuole melds with a  lysosome, when pH changes dye will turn yellow­orange, move everywhere and spin, no  one direction of movement by cilia, have an oral­groove, contractile vacuoles fill with  water, red eyespot ­Swimming behaviour of Euglena single celled photosynthetic protist – vibrate back and  forth in a forward motion, move in fairly straight line then switch, couldn’t see flagella,  faster and more whip like than paramecium, red eyespot and lots of chloroplasts ­Pelomyxa carolinensis amoeba – move with pseudopodium, hard to see complete  organism because it’s so thick, non­moving plasmagel and streaming plasmosol towards  pseudopodia, food vacuole ­algae fluoresce red ­spinach culture covered in bacteria and ciliates Proportion of Field – for microscopes without ocular micrometer Lab 5 – Amylase Enzyme Activity and Action of Inhibitors Assay – a test for a particular process, reaction or substance Enzymes – proteins (rarely RNAs) that catalyze metabolic reactions, facilitate reactions  but are not consumed/destroyed, substrate­specific, end in ­ase Substrate/Reactant – molecule to be metabolized  Active Site – where in the enqyme the substrate binds as it is converted into an end  product Activation Energy – energy required to initiate the change in the substrate, must be met  for reaction to occur ­Enzymes lower activation energy of a reaction and make it happen faster Amylose – component of starch, polymer of glucose monomers connected by alpha  bonds Amylase – hydrolyses alpha bonds in amylose resulting in glucose monomers, dimmers  (maltose) and shorter chains of amylose, useful for plants to break down stored starch  from photosynthesis, in animals breaks down amylose so that it can be passed through  cell membrane (humans­in saliva and pancreas) ­Standard curve used to determine concentrations of amylose Colourimetric Assay – measures change in colour by measuring change in absorbance,  iodine will react with starch and tu
More Less
Unlock Document

Only pages 1,2 and half of page 3 are available for preview. Some parts have been intentionally blurred.

Unlock Document
You're Reading a Preview

Unlock to view full version

Unlock Document

Log In


Join OneClass

Access over 10 million pages of study
documents for 1.3 million courses.

Sign up

Join to view


By registering, I agree to the Terms and Privacy Policies
Already have an account?
Just a few more details

So we can recommend you notes for your school.

Reset Password

Please enter below the email address you registered with and we will send you a link to reset your password.

Add your courses

Get notes from the top students in your class.