Class Notes (836,858)
Canada (509,932)
BIOD29H3 (15)
Lecture 7

BIOD29 Lecture 7: Monday February 3.doc

5 Pages
60 Views
Unlock Document

Department
Biological Sciences
Course
BIOD29H3
Professor
Aarti Ashok
Semester
Winter

Description
BIOD29 Lecture 7                     Monday February 3,  2014  Retroviridae □ Relatively large □ Several enzymes within capsid – reverse transcriptase (reason why this family  is classified as it) □ Retro­going back  Retroviridae pt. 2 □ In human, couple of diseases of interest (AIDS and leukemia)  Retroviridae pt. 3 □ TM ­ Exposed on the outer envelope of the virus □ MA – bridge □ Unlike follow poliovirus simple route – they go retro □ Encapsulated – protective mechanism □ Each of the two copies have a cellular tRNA bound to it (based paired) –  defers identity of the virus  Retroviridae pt. 4 □ Not interaction of SU with TM – two critical proteins in virus cell entry and  fusion □ Everything – everything is predictably the same □ Note location of the three enzymes □ RT – inside the capsid vs. proteases which resides in between capsid   Retroviridae pt. 5 □ Two options of entry – possibility of fusion, but certain members choose to be  endocytosis □ Both pathways could be utilized □ Also have reverse transcription reaction that is going to occur  enters  through nuclear pores into the nucleus there is integration of DNA into the  whole cell gene  Retroviridae pt. 6 □ tRNA bnds to the region “PBS­primer binding site” □ anything called R – repeat sequences (exact same sequence on ether end □ untranslated regions –transcribed and form part of the transcript but do not  code for the actual protein that comes from the RNA □ Ppt – whole bunch of pyrimidines in a certain sequence □ Crucial role in the process of reverse transcription  Retroviridae pt. 7 □ Will degrade RNA that is complementary – leaving only the RNA..8:30 □ DNA that has been reverses transcribed and capable of integrating of the  whole genome – reason why we have problems □ Hard to kick out a pieces of integrated DNA in genome □ Makes a lot of mistakes – lots of different mutation sand strains of HIV  Retroviridae pt. 8 □ tRNA based paired to ssRNA genome with the PBS binding site □ will use that are RNA primer and extends   □ black pice of DNA complimentary to the genome □ RNA DNA hybrid –subject of RNAase digestion (will deplete just the RNA  part of that dimer; blue is gone) □ Whole piece (tRNA with the small piece of DNA) – does a strand transfer  (drops off and finds somewhere to bind – other end of the genome since it has  a complementary binding site) □ Can reverse transcribe the entire RNA genome □ Have RNA­DNA hybrid (3’ untranslated sequence –repeat sequence – 5’  untranslater sequence  U3­R­U5)  Retroviridae pt. 9 □ Digests whole except ppt (polypyrimidine tract); not understood why it  remains □ Ppt is there to prime copying of the complementary strand of DNA synthesis □ Start at ppt extend reverse transcriptase  to the end where the tRNA is □ Creases tRNA and ppt sequences that can be removed (in a RNA DNA  hybrid; ppt and TRNA get removed by RNAse H) □ Created a OBS on the right  second strand transfer (jumps off and jumps to  the other end)  annealed and used as a primer you are able to synthesize  those whole strand □ Linear dsDNA with LTRs on both ends are generated =Proviral DNALTRS  on 3’ and 5’ end genome  Retroviridae pt. 10 □ *usually have to wait for nuclear envelope to bread down for integration □ Majority of viruses^ (during replication of the cell to get its information where  it needs to regulate); HIV as an exception  Diagram □ All considered the early phase of the viral life cycle  Retroviridae pt. 11 □ Proteins translated are sometimes poly proteins (cluster of proteins) □ Need protease to chop poly protein into individual proteins  Retroviridae pt. 12 □ Viruses will bud from PM □ Advantageous – capsid with m
More Less

Related notes for BIOD29H3

Log In


OR

Join OneClass

Access over 10 million pages of study
documents for 1.3 million courses.

Sign up

Join to view


OR

By registering, I agree to the Terms and Privacy Policies
Already have an account?
Just a few more details

So we can recommend you notes for your school.

Reset Password

Please enter below the email address you registered with and we will send you a link to reset your password.

Add your courses

Get notes from the top students in your class.


Submit